Tahun 1980-an daerah Cijantung merupakan daerah pinggiran kota Jakarta. Secara administratif daerah ini termasuk Kelurahan Cijantung Kecamatan Pasar Rebo Jakarta Timur. Pada tahun 1988 terdapat warga Simalungun di daerah Kalisari dan Cijantung yang berniat membentuk perkumpulan warga Simalungun. Adalah Bp Ir Jaumum Sumbayak, Bp Jainuddin Saragih dan Bp Doriachman Garingging yang mengundang secara lisan warga Simalungun untuk mengadakan pertemuan yang diadakan pada tanggal 30 Oktober 1989 di rumah Bp Doriachman Garingging, Jl Pondok Baru IV No. 12 Cijantung. Pada saat pertemuan tersebut dihadiri 11 orang, yaitu : Bp Ir Jaumum Sumbayak, Bp Jainuddin Saragih, Bp Doriachman Garingging, Bp Ediwarman Saragih, Bp Hamonangan Munthe, Bp Ir M Yansen Saragih, Bp Usman Girsang, Bp Marlen Sipayung, Bp Nehen Munthe, Bp Riden Sipayung dan Bp Markus Sinaga.

Dalam pertemuan tersebut dihasilkan suatu kesepakatan untuk membentuk Serikat Warga Simalungun Cijantung - Kalisari, dengan hasil kesepakatan yaitu :
1. Mengadakan kebaktian 1 x sebulan secara bergilir di rumah Anggota (Program Jangka Pendek)
2. Jika memungkinkan mendirikan Gereja Kristen Protestan Simalungun (GKPS) Cijantung (Program Jangka Panjang)
3. Membentuk Kepengurusan Serikat Warga Simalungun Cijantung - Kalisari, yaitu :

Penasehat
St LekKol Drs Annis Sinaga
Bp Marlen Sipayung

Ketua
Bp Jainuddin Saragih

Sekretaris
Bp Doriachman Garingging

Bendahara
Sy Riden Sipayung

Walaupun terdapat hambatan sedikitnya Pelayan Gereja (Pdt, Sintua dan Syamas), kegiatan kebaktian 1 x sebulan tetap terus berjalan dengan cara setiap warga secara bergantian membawakan renungan firman Tuhan pada kebaktian rumah tangga. Pengurus Serikat Warga Simalungun Cijantung - Kalisari meminta kesediaan Pdt Daniel Saragih (Pendeta GKPS Resort Cililitan) untuk membina kebaktian secara kontinyu dan berkesinambungan serta dalam rangka mewujudkan GKPS Cijantung (Program Jangka Panjang).

Hari-hari berganti dan tahun pun berganti, anggota Serikat Warga Simalungun Cijantung - Kalisari semakin bertambah. Untuk mewujudkan program jangka panjang, serikat meminta kesediaan Bp Abner Damanik yang tinggal di Komplek Bengrah A. Paldam Jaya Cijantung untuk berperan aktif dalam Serikat terutama untuk pencarian tanah (pertapakan Gereja). Tanggal 6 Januari 1991, Serikat Warga Simalungun Cijantung - Kalisari mengadakan Pesta Tahun Baru bertempat di rumah Bp St Ediwarson Saragih, Jl Jaha Kalisari yang dihadiri oleh Pdt Daniel Saragih dan Pdt Jahenos Saragih. Sehingga intensitas kegiatan kebaktian rumah tangga ditingkatkan menjadi 2x sebulan.

September 1991, Serikat mengadakan rapat anggota di rumah Bp Abner Damanik, dengan hasil :
1. GKPS Persiapan Cijantung dibawah koordinasi GKPS Resort Cikoko
2. Kebaktian Minggu dimulai tanggal 24 Nopember 1991 bertempat di GBKP Cijantung dan waktu masuk kebaktian pukul 16:00 WIB
3. Pelaksana Kebaktian, yaitu :

Ketua
St Amlen Saragih

Wakil Ketua
St Riden Sipayung

Sekretaris
Bp Markus Sinaga

Bendahara
Sy Arison Lingga

Minggu, 24 November 1991 secara resmi dilaksanakan Kebaktian Minggu perdana yang dipimpin oleh Pdt Ch E Purba, STh (Pendeta Resort Cikoko) di GBKP Cijantung pukul 16:00 WIB. Hadir dalam kebaktian tersebut : Pengurus GKPS Resort Cikoko, Pimpinan dan Majelis Jemaat GKPS Cikoko, Majelis Jemaat GKPS Kebayoran, Majelis Jemaat GKPS Klender, Pdt Jahenos Saragih, Pdt H H Sinaga, PW N br Damanik, Utusan dari GKPS Salemba (St Marudin Simanjorang), Utusan dari GKPS Lubang Buaya (St Jawalmen Tondang) dan dari GBKP (Bp Sebayang).

Minggu, 23 Februari 1992 diresmikan menjadi Jemaat GKPS Persiapan Cijantung oleh pengurus GKPS Resort Cikoko dan mengukuhkan Pimpinan dan Majelis Jemaat sesuai hasil rapat anggota September 1991. Hari dan Tanggal tersebut (Minggu, 23 Februari 1992) ditetapkan sebagai hari Jadi GKPS Persiapan Cijantung.

Sy Ir M Yansen Saragih sebagai Ketua Panitia Pembangunan bersama Tim Panitia Pesta Ulang Tahun dan Panitia Pesta Pagelaran Seni dan Budaya Simalungun (usul Seksi Pemuda) melakukan usaha pencarian Dana hingga diperoleh dana untuk membeli tanah mencapai 834m2 (tahun 1998) dan dirancang membangun Gereja berlantai dua dengan dikerjakan secara bertahap.

Minggu, 28 Januari 1996, sebelum kebaktian Minggu, diadakan peletakan Batu Pertama pembangunan Gedung Gereja yang dipimpin oleh Pdt JK Purba (Pendeta Resort Cikoko). Minggu, 5 Mei 1996 bangunan Gereja GKPS Persiapan Cijantung secara resmi dimasuki serta tidak lupa mengadakan perpisahan dan ucapan terimakasih kepada pihak GBKP.

Minggu, 17 Oktober 1999, Jemaat GKPS Cijantung resmi sebagai jemaat yang mandiri sesuai Surat Keputusan Pimpinan Pusat GKPS Nomor 1254/3-99 yang ditandatangani oleh Pdt Jas Damanik (Ephorus) dan Pdt SA Girsang (Sekretaris Jenderal).

Minggu, 27 Juli 2014, dilaksanakan Ibadah Minggu sekaligus peresmian GKPS Cijantung menjadi GKPS Jemaat Khusus oleh Ephorus GKPS Pdt Dr Jaharianson Saragih sesuai Surat Keputusan Pimpinan Pusat GKPS Nomor : 375/SK-3-PP.2013

Sesuai hasil Keputusan Sinode Bolon GKPS ke-44 yang telah dilaksanakan pada tanggal 18-22 November 2020, telah diputuskan tidak berlaku lagi adanya Jemaat Khusus di GKPS (Mencabut dan menyatakan tidak berlaku lagi Surat Keputusan Pimpinan Pusat GKPS Nomor : 375/SK-3-PP.2013 melalui Surat Keputusan Pimpinan Pusat GKPS Nomor : 080/SK-3-PS/2021 tanggal 24 Januari 2021).